Há muitas indústrias onde os filtros da sala de limpeza HEPA jogam um papel importante em assegurar a pureza do ar e em eliminar a contaminação potencial. As salas de limpeza industriais são usadas no médico, farmacêutico, alimento e bebida, e indústrias do semicondutor, entre outros, para proteger produtos sensíveis e processos das infecções transportadas por via aérea, partículas microscópicas, e outros poluentes.

Nos hospitais, os filtros da sala de limpeza HEPA são usados para criar salas de operações estéreis e seguras. Em indústrias farmacêuticas e de alimento e de bebidas, estes filtros são usados para manter um ambiente puro que esteja livre da contaminação microbiana e química. Na indústria do semicondutor, estes filtros ajudam a reduzir a poeira e as outras partículas para eliminar todo o potencial para a contaminação na linha de produção.